Pardubickou nemocnici v současné době tvoří pět klinik, a to Interní klinika, Chirurgická klinika, Neurologická klinika, Porodnicko-gynekologická klinika a Klinika otorinolaryngologie a chirurgie hlavy a krku, a na čtyři desítky oddělení. Nemocnice má přes 930 lůžek a více než 2000 zaměstnanců, disponuje také oblastní prádelnou, hospodářským a technickým zázemím a moderním stravovacím provozem.
V Pardubické nemocnici také sídlí šest center vysoce specializované péče, a to komplexní onkologické centrum ve spolupráci s Onkologickým centrem Multiscan, iktové centrum, MS centrum, onkogynekologické centrum, perinatologické centrum a komplexní kardiovaskulární centrum ve spolupráci s FN HK a KC Agel. V posledních letech nemocnice zažívá významný stavební rozvoj k potřebné obnově infrastruktury areálu Pardubické nemocnice.
